Os cistos são piriformes ou arredondados, com aspecto característico de limão, medindo de 6 a 10µm x 4 a 6µm. Os cistos possuem um núcleo bem visível e coloração verde azeitona. O citóstoma invaginado pode ser observado no cisto. O Chilomastix mesnili é um protozoário flagelado, comensal do intestino grosso do homem.