O trofozoíto de Chilomastix mesnili mede de 10 a 20µm de comprimento, tem corpo piriforme e assimétrico, sendo a extremidade posterior mais afilada, terminando em delgada ponta. Possui quatro flagelos e um grande citóstoma alongado.  Um único núcleo redondo fica situado na porção anterior, e tem cariossoma pequeno.