Os oocistos são esféricos, medem de 8 a 10µm e possuem a parede com aparência rugosa ou ondulada. Pela coloração da safranina aparecem corados do vermelho a um brilhante vermelho-alaranjado.

Os oocistos de C. cayetanensis são duas vezes maiores em tamanho do que os oocistos de Cryptosporidium spp. A morfometria com o micrômetro ocular é muito importante para a identificação destes coccídios.

Os oocistos não são esporulados quando excretados nas fezes, necessitando de uma a duas semanas em condições ideais de temperatura para se tornarem esporulados