O Blastocystis hominis é um protozoário pleomórfico, apresentando quatro formas morfológicas: vacuolar, granular, amebóide e cística. A forma vacuolar é esférica, às vezes com aspecto irregular, caracterizada por um grande vacúolo central (corpo central) que é ligeiramente refringente, com citoplasma deslocado para a periferia, contendo alguns grânulos e com um a quatro núcleos. O tamanho médio da forma vacuolar é de 4 a 15 µm de diâmetro, mas pode variar de 2 a 200 µm de diâmetro.

A forma granular mede de 10 a 60 µm de diâmetro, com média de 15 a 25 µm, possui um a quatro núcleos e apresenta pequenos grânulos na área vacuolar. Outras formas: amebóide (2,6-7,8 µm de diâmetro), formas multivacuolares (5-8 µm de diâmetro) e formas avacuoladas (5 µm de diâmetro).   A forma cística mede de 2 a 5 µm de diâmetro, possui uma parede cística de múltiplas camadas que serve de envoltório, e no citoplasma são observados de um a quatro núcleos e vacúolos pequenos.

Quando o B. hominis é corado pelo tricrômico, observa-se uma variabilidade na coloração do vacúolo central, que pode corar-se em verde, azul ou vermelho.