Os cistos medem de 8-20 µm de comprimento por 7-10 µm de largura, são ovais ou elipsóides, e às vezes, esféricos, com membrana fina. No seu interior encontram-se dois ou quatro núcleos situados próximos aos pólos, axonemas, um número variável de fibrilas e corpos escuros em forma de meia-lua. Os cistos, quando corados, podem apresentar uma nítida retração do citoplasma (a membrana fica destacada do citoplasma).

Quando corados pela solução de lugol, os cistos podem apresentar citoplasma com coloração esverdeada, pardo-esverdeada (azeitona), castanho–amarelado e raramente azulado.